В настоящее время для механической обработки корневых каналов мы широко используем различные системы вращающихся (механических) инструментов из гибких, но очень прочных сплавов, которые имеют ряд очевидных преимуществ: более быструю обработку канала, создание правильной формы канала (в виде конуса), что гарантирует меньшую вероятность попадания содержимого канала за верхушечное отверстие, то есть снижает риск инфицирования окружающих зуб тканей. Современные машинные инструменты существенно облегчают обработку искривленных или плохо проходимых корневых каналов, делают её более качественно.
Однако вследствие сложного анатомического строения системы корневых каналов механическая обработка не может обеспечить полного удаления содержимого каналов из щелевидных пространств и латеральных ответвлений. Поэтому для дезинфекции участков канала, не обработанных механически, для вымывания из канала остатков распада и дентинных опилок, для исключения блокады корневого канала необходима тщательная его ирригация (промывание). Мы широко используем антисептические растворы из группы хлорсодержащих: 3% гипохлорит натрия, обладающий дезинфицирующим и протеолитическим действием, 0,2-2% раствор хлоргексидина. Ультразвук усиливает действие дезинфицирующих средств в канале и часто является незаменимым средством при лечении каналов зубов.